A presença de facções, como o PCC e o CV, na disputa por rotas de tráfico na Amazônia tem gerado um forte alerta local. O deputado Amom Mandel (Cidadania-AM) apresentou projeto de lei da Política Nacional de Proteção Integrada da Amazônia Brasileira, a fim de proteger indígenas e a floresta.
Em muitos lugares, as facções exploram garimpos em rios e minerais em terras e impõem controle territorial.